Флаг Федерации профсоюзов Красноярского края представляет собой прямоугольное полотнище в пропорции 1:2. Диагональ, проходящая от нижнего левого угла до верхнего правого, делит площадь флага на две половины, одна из которых красная (верхняя), другая — синяя (нижняя). Это соответствует традиционной цветовой гамме профсоюзов и отражает связь с Федерацией независимых профсоюзов России.
С обеих сторон флага — надписи белыми буквами. С одной стороны наименование организации — “Федерация профсоюзов Красноярского края”. Эти слова расположены в центре флага, каждое на отдельной строке, последовательно одно под другим. С другой стороны также одно под другим, но последовательно со смещением вправо располагаются слова “Единство Солидарность Справедливость”, символизирующие суть, основные принципы, на которых строится деятельность организации.
Эмблема утверждена постановлением Совета Федерации профсоюзов Красноярского края от 30 октября 2007 года.
Разработчики флага ФПКК: А.С. Гунько, С.М. Роганов, В.В. Хоботков.